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大余县职业中等专业学校毕业证书与普通高中毕业证书的效力并不完全相同。虽然职业中等专业学校为学生提供职业技能培训，但其毕业证书更多地被认定为中等职业教育阶段的学业完成证明。而普通高中毕业证书则代表完成了基础教育的学业要求。因此，两者在学历层次和认可程度上存在差异。具体情况还需根据用人单位的实际需求和当地政策来确定。