井冈山应用科技学校对学生违纪行为采取严肃处理的方式。学校会根据学生违纪的严重程度，进行相应的处罚，如警告、记过、留校察看、开除学籍等。同时，学校也会注重对学生进行教育引导，帮助学生认识到错误的严重性，从而引导学生纠正错误，重新回到正轨。学校会依据相关规章制度，公正公平地处理学生违纪行为，维护学校的纪律和秩序。