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江西长江科技中等专业学校的毕业证书与普通高中毕业证书的效力并不完全相同。中专毕业证书主要证明学生在某一专业领域接受过中等专业技能教育，而普通高中毕业证书则证明学生完成了基本教育阶段的学习。因此，两者的教育层次和有所差异。但在实际就业和升学中，具体效力还需结合具体情境和要求来判断。