新余市中等专业学校在处理学生违纪行为时，首先会进行调查核实，了解学生违纪的具体情况。然后根据学校纪律和规定，对违纪学生进行严肃处理，包括但不限于警告、记过、留校察看、开除学籍等。学校重视引导学生改正错误，会与学生进行思想交流，给予他们改正的机会。同时，学校也会加强教育和管理，预防类似事件的再次发生。通过这样的处理方式，学校旨在维护良好的教育环境，促进学生的健康成长。