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江西省井冈山应用科技学校的毕业证书与普通高中毕业证书在效力上存在不同。虽然应用科技学校也是教育系统的一部分，其毕业证书可以证明学生在该学校完成了学业，但通常普通高中毕业证书在学历认可和社会认可度方面更高。对于求职或升学，普通高中的毕业证书可能有更广泛的接受度。因此，井冈山应用科技学校的毕业证书效力可能有所限制。