新余特种防卫学校的毕业证书与普通高中毕业证书的效力有所不同。虽然特种防卫学校也是提供学历教育，但其教育和目标是为特定职业或领域培养人才，例如军事技能、安保知识等。因此，其毕业证书在特定领域可能具有较强的认可度，但并不等同于普通高中的学历证书。具体效力还需根据用人单位的需求和认可程度而定。