南昌市特殊教育学校的毕业证书与普通高中毕业证书的效力并不完全相同。特殊教育学校根据学生所接受的特殊教育和培训颁发证书，这反映了学生在特定领域的学习成果和技能。而普通高中毕业证书则代表学生完成了基本教育阶段的学习。因此，两者的性质和效力有所差异。具体情况还需根据学生实际获得的技能和学历层次来判断。